因為爆炸聲還有槍響，所以警方很快就來到了這邊，看著周圍殘破的環境，目暮警官忍不住皺了皺眉。

死在現場的有三具尸體，其中兩具尸體是一個傷口在額頭，一個傷口在胸口，都是一槍斃命的。

還有一具尸體，一只手臂在角落里面，遍體焦黑，但是身體其他部分卻沒有什么焦黑的痕跡，死因是額頭的那個彈孔。

三人除了那個黑澤陣之外，其他兩個人警局里面居然沒有什么資料，這時目暮警官最頭痛的，還有就是，在現場的目暮警官，還發現了之前檔案室里面，那個年華的匕首，也就是檔案室里面丟失的那個證物了。

當然了，最后警方給這邊定義的就是殺手們的內斗了，再加上黑澤陣在警局的那天之后，匕首就失蹤了，并且在晚上的監控攝影機里面還看到了黑澤陣的身影。

于是便定性為了黑澤陣偷走了這個匕首。

隨后這個匕首作為證物也被重新收進了目暮警官的檔案室里面。

接著，黑衣組織里面也爆了，琴酒，伏特加還有利口酒，三個人都死在了一個房間里面，這個多少有些讓人非常驚訝了。

但是隨之而來的，就是國外的勢力漸漸開始暴躁了起來，接著就是外面的人開始趁著內亂對組織進行報復，最后的組織，也只能在霓虹茍延殘喘著。

還有就是，鈴木財團的鈴木園子小姐失蹤了，隨后鈴木綾子將自己之前訂下來的婚約毀掉了，重新回到了鈴木財團，開始對鈴木財團進行掌權。

時間又過去了一段時間，阿笠博士從自己的包裹中，發現了一枚不知道從哪里寄過來的藥物，根據上面的說明，是APTX4869的解藥，隨后連忙將柯南找了過來，讓他服下了這枚藥物。

隨后，柯南消失了，工藤新一重新回到了大家的視線中。

就這樣，柯南的世界里面，重新回到了正常的時間線。

最后，柯南和小蘭結婚了，在婚禮上面，出現了一個神秘的包裹，打開后，是一份特殊的生日祝福，通過賀卡，工藤新一推斷出來了正是園子跟年華送過來了。

全劇終