首先是東皇太一以巫族殺害自己的兒子為由而立刻向巫族下了戰書，與此同時，巫族同樣因為夸父和后羿的隕落而記恨太古天庭，也向東皇太一下了戰書。
這一刻，著名的天地大劫巫妖大戰終于爆發了。
巫族十位祖巫以及大量太古洪荒大巫（九鳳、蚩尤、刑天、相柳、于兒、禺虢等等）聯手作戰一同殺上了太古洪荒天庭。
而妖族高手此時就只有天帝東皇太一和一眾太古妖神了。
東皇太一執掌混沌鐘主宰三界，他手下則有眾多太古洪荒妖神，其中以十大妖圣最為出名，他們分別是：計蒙、英招、白澤、飛誕、飛廉、九嬰、呲鐵、商羊、欽原、鬼車。
面對著巫族的來犯，一眾妖神憑借周天星斗大陣和混元河洛大陣守護天庭。
巫妖大戰爆發，妖族出身的女媧娘娘雖然很痛恨東皇太一，但是對本族安危她還是心存掛念和擔憂的。不過由于此時的女媧娘娘身為圣人，不可逆了天數，故未插手妖巫之爭，只能眼睜睜看著雙方大戰而無能為力。
初步的戰爭中，巫族高手帝江遭妖神道圍攻而隕落身亡，這下巫族僅剩余九大祖巫（句芒、蓐收、燭九陰、強良、奢比尸、天吳、弇茲、玄冥、后土）。
一位祖巫隕落那無異于巫族的頂梁柱坍塌，面對著同伴帝江隕落的悲劇，一眾祖巫瘋了，他們更是不要命的同天庭大戰，戰爭至此是徹底進入了白熱化階段，縱然鴻鈞老祖等天道圣人親自出手也未能阻止。
戰爭期間，東皇太一雖然有先天至寶，但由于太一未得證元始，便不能發揮先天至寶的真正威力，無法以混沌鐘徹底鎮壓妖族的氣運，所以戰爭的結果并沒有走向東皇太一預測的方向。
也不知道戰爭進行了多久，反正戰爭結束以后，其余祖巫也都一一隕落而盡，在這些祖巫之中以玄冥修為最強，他運轉神通直接與天庭領袖東皇太一同歸于盡，至于其余的高手更是死傷殆盡，難以活命。
雖然巫族經此一戰損失慘重，但是妖族同樣也好不到哪里去，隨著首領東皇太一陣亡，隨著一眾上古妖神隕落，龐大的太古天庭在這一刻終于走向了末世。
至于剩余的妖族，要么躲藏起來，要么歸附玄門，要么就去投奔女媧娘娘，總之巫妖兩族由此勢弱，并失去了爭霸洪荒的實力，被迫退出歷史舞臺，而人族在三皇治世，五帝為君后興盛，開始了稱霸洪荒的時代。
見此狀況，各個天道圣人紛紛開派立教，招收門徒，太上老君所創的人教、元始天尊所創的闡教、通天教主所創的截教都在這時快速興起。
由于三清繼承鴻鈞道人，是為親傳弟子，三清各自所創的人教、闡教、截教合在一起統稱為鴻鈞大道。
鴻鈞道人是何等威名，再加上又有三位天道圣人言傳身教，是以天下萬靈紛紛入投鴻鈞大道。
而八景宮，玉虛宮和碧游宮在此時是火速膨脹，鴻鈞大道更是借此刻成為正宗，至于三位掌教則大有共分三界的趨勢。
在太上老君，元始天尊和通天教主無限風光的時候，西方圣人們也不甘示弱，也立刻開教收徒，例如接引道人演沙門，立西方教，接引道人即為佛主阿彌陀佛，準提道人則為佛母菩提祖師。這準提道人據傳與女媧關系非同一般，且神通廣大知曉未來，如收孫悟空為弟子、借山河社稷圖共同培育三千佛陀等。
再說退出妖族的女媧娘娘，她本人因不忍妖族同類徹底滅亡，便親自出手干涉了人族的追殺行動，女媧娘娘是何等身份，她的話誰敢不聽呢？就這樣妖族得到了茍延殘喘的機會。不過在救妖族同類時，女媧娘娘也順帶著救下了巫族，至此巫族算是承了女媧的情，并開始萌生了與妖族和好的心思。
而妖族殘余勢力此時正因為首領東皇太一的隕落而惶恐度日呢，結果這時看到女媧娘娘不計前嫌再次出手庇護他們，因此這些剩余的妖族便紛紛跪求女媧娘娘，希望女媧娘娘可以永久保護他們。
女媧娘娘出于對妖族的保護，也出于自己處在孤掌難鳴境地的考慮，便答應了妖族的請求，直接創立妖教統帥天下萬妖，與三清西方二圣分庭抗禮。
女媧娘娘雖然是天道圣人，以前也并沒有執政的經驗，但是一旦干起來了，那也是有幾把刷子的。
在她的執政下，妖族改變了策略，首先主動與巫族修好，隨后以妖教立足對抗人族，最后休養生息，慢慢恢復妖族之力。
至此女媧娘娘執掌的妖族才算徹底穩固，其中有生力量包含了以鯤鵬、英招、計蒙、畢方、窮奇、開明、陸吾、饕餮八大妖神為首的殘余洪荒力量，同時還包含了以彩鳳、金羽、彩鵲、青鸞、火鳳、白虎等鳳凰鳥獸一族為輔的新生力量。
此外還有兵角共三千七百萬余，大艦百萬艘，各種靈藥，法器，雷火球珠，神雷沖，元磁筒，烈火旗門，玄陰弓箭，鎧甲，麒麟戰獸，白虎戰獸，萬里穿云戰獸，等等不計其數。
至于東皇第十子則化身為陸壓道人，他取之前的夸父、后羿精氣于一葫蘆中，日夜修煉祭化，終于喜得重寶斬仙飛刀，并借此威震三界，此外再加上女媧娘娘有意無意的照顧，陸壓道人活的倒是瀟灑無比。
雖然世界在這一刻是安定了，但是天庭卻是陷入了無主的狀況，在這樣的情況下，三清聯手推舉鴻鈞身邊的童子（昊天）為天庭玉帝、童女（瑤池）為天庭王母，就這樣天庭進入了昊天大帝和瑤池金母統領的時代。
昊天瑤池的確會來事，統治天庭后，他們事事以三教為先，事事以女媧娘娘等天道圣人為先。
就這樣新的天庭在紛亂復雜的三界中算是徹底穩固下來了。
只是在天庭統治初期，此時的人間界仍存在著一些大巫部落，他們視妖族、人類為死對頭（人為女媧所造，加上老子搶分人道、強立人教之前，人道妖道，合為一體，曾加入妖族大軍攻打巫族），不住進攻兩族，所以人間仍大戰不休。
特別是九黎部落蚩尤舉部落之力，以巫族秘術造十二都天神煞大陣，欲聚十二祖巫之靈為己所用。
但人教大興，軒轅拜師于廣成子（廣成子為闡教十二金仙之首），廣成子助軒轅對抗蚩尤，同時軒轅又有昊天天帝派九天玄女贈送天書，是以軒轅部落實力快速膨脹，并終滅蚩尤部落，軒轅因為戰功顯赫而為人皇。
蚩尤戰敗后，巫族眾人痛苦不堪，由于軒轅戰蚩尤時，昊天天帝派九天玄女贈送天書支援，于是巫族僅存的幾位大巫很是不滿，特別是刑天一怒之下攻伐天庭，逆天而行。
刑天大戰昊天大帝，結果被昊天大帝一劍斬下頭顱，不料刑天怨念太深，沖天的暴戾之氣竟然嚇跑了昊天天帝。
刑天死后，巫族殘余勢力便以祖巫強良的妹妹九鳳為首領而求生存，隨后，人巫兩族主張以和為貴，不料巫族首領九鳳被顓頊偷襲算計，中了軒轅劍后重傷，逃進了洪荒星空。
在洪荒星空中，九鳳恢復傷勢，隨后打算回到洪荒人間，殺死轉世的顓頊，以報被辱之仇。
這時女媧娘娘及時出現，動之以情曉之以理，同時又給九鳳賜下不少重寶安撫，九鳳這才放棄想法于洪荒星空中修煉。
至此，大千世界中，洪荒時期巫族、妖族兩族徹底銷聲匿跡，不復存在，而世界自此也是結束了洪荒時代，開始了新的時代。