在安布雷拉公司的老巢，蜂巢的巨大地下遺傳研究中心時暗藏著某種

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可怕的事情，在這里聚集著神秘的生物工程學家。一種致命的病毒爆發了，并快速地傳播著。紅后一臺控制和監視著整個蜂巢的超級巨型計算機把整個中心都封閉了起來，甚至包括很小的漏洞，殺死了所有被困在里邊的工作人員。[3]

暫時失憶的艾麗斯在自己的浴室中醒來，先后遇到了埃里克·馬比斯與雷恩等人組成的特遣隊。特遣隊逮捕了埃里克·馬比斯，帶著他和愛麗絲進入蜂巢并關閉紅后。然而，隊員們很快發現這些工作人員們并不是真正地死去了。他們已成為徘徊在“蜂巢”內貪婪的像僵尸一樣的活死人。人們一旦被他們咬一口或被他們抓傷就會受到感染，甚至立即變成他們一類的人。[4]

艾麗斯和她的特遣隊有3個小時來完成他們的任務，否則這些僵尸們將泛濫成災，對整個地球構成威脅。其間，愛麗絲的記憶不斷閃回，事實的真相也不斷揭開。為了接近紅后，小隊成員必須在這個象蜂巢一樣的迷宮里，穿過一連串一個比一個恐怖的障礙。其中包括致命的激光、異型犬爪和一個巨大的樣品屋，在這個樣品屋里艾麗斯見識到了安布雷拉公司導致這場危機的邪惡研究成果。艾麗斯也很快發現了這些僵尸是該公司的一項最新的研究方案，變種T-病毒造成的結果。[2]

T-病毒最初的設計方案是抗衰老、治療神經方面的疾病，它具有激活死亡細胞的能力。艾麗斯意識到這肯定是一個神秘的破壞者偷走了這個病毒，并把它釋放到蜂巢的空氣中。這就是危機的爆發經過。

面對這個巨型計算機，雷恩假意請紅后幫助他們。紅后同意了，但是堅持那些被感染的人一個也不允許逃走。當然，除非他們能首先找到克制這個病毒的反病毒。他們的有效辦法就是利用遺傳上的變種試驗，也就是利用能摧毀所有僵尸的著名邪惡生物舔食者。舔食者每殺死一個人，他的力量就會增加，也使特遣隊的工作更加危險。[5]