喬星宇離開夢(mèng)境世界后開始挑戰(zhàn)道館，實(shí)力提升；
去密阿雷挑戰(zhàn)小菊兒（看走秀）遇到了芽衣，因?yàn)槭钱愂澜缛饲艺J(rèn)識(shí)青綠，被纏著對(duì)戰(zhàn)；
皮丘打完電系道館后進(jìn)化；
兩人結(jié)伴繼續(xù)道館挑戰(zhàn)，卷入新舊等離子團(tuán)的爭(zhēng)執(zhí)，結(jié)識(shí)了勾帕路翁，皮卡丘獲得了掌握圣劍的契機(jī)；
由于徽章不夠，喬星宇在帆巴市挑戰(zhàn)完菊老大后繼續(xù)北上，在通向吹寄市的路上遇到了前往帆巴市出席錦標(biāo)賽的夏卡。
等離子驅(qū)逐艦現(xiàn)身，阿克羅瑪在酋雷姆和一眾百變怪的輔助下壓制了夏卡。
老爺子將基因之楔提前交給了喬星宇，整個(gè)6號(hào)道路陷入冰封，但傳說(shuō)精靈的力量也意外打開了究極之洞，喬星宇陷入其中，掉落波凱村所在的弗拉西亞山脈。
金色能量失效，墜落過(guò)程中遭遇轟龍，精英級(jí)的三只精靈陷入苦戰(zhàn)，雄火龍覺醒開翼，勉強(qiáng)擊退。
公會(huì)派遣的駐村獵人（2g主角）發(fā)現(xiàn)了收回精靈后因?yàn)楹浣钇ＡΡM的喬星宇；
能量保護(hù)層消失，意識(shí)到危險(xiǎn)的喬星宇決定跟隨訓(xùn)練場(chǎng)教官進(jìn)行獵人訓(xùn)練，皮卡丘學(xué)會(huì)了隨從貓的各項(xiàng)技巧，包括烹飪；
沼躍魚進(jìn)化，拿大劍當(dāng)太刀用，掌握了見切技巧；
討伐轟龍后，在村子礦洞的巨大黑劍處與劍靈交流；
黑龍素材中誕生的獨(dú)劍鞘入隊(duì)；
讓雄火龍放風(fēng)時(shí)偶然得知原作中沒有的騎手公會(huì)存在。
前往東多魯瑪獵人公會(huì)旁邊的騎手公會(huì)，見到了和烈度融合的赤紅會(huì)長(zhǎng)（類似武藤游戲和阿圖姆的狀態(tài)）。
赤紅在華藍(lán)洞窟對(duì)戰(zhàn)超夢(mèng)時(shí)被偷襲，卷入究極之洞，意外與烈度（Red）融為一體；
基因之楔可以幫助烈度/赤紅和搭檔雄火龍/噴火龍解除融合，不過(guò)融合狀態(tài)會(huì)更強(qiáng)；
兩人交流后，喬星宇得知新大陸處同樣出現(xiàn)了雷暴云，決定數(shù)月后跟隨第四期團(tuán)的船長(zhǎng)前往。
老山龍?zhí)优苁录l(fā)生，波凱村告急，喬星宇連續(xù)參與霸龍討伐、崩龍討伐戰(zhàn)，皮卡丘和雄火龍初步開發(fā)了怪獵世界的光屬性組合技；
（怪獵世界光屬性為火雷組合，物語(yǔ)1、2里向?qū)ж埣{比露閃電模式可以和兩代火龍主角進(jìn)入散發(fā)白色光芒的奇跡形態(tài)，怪獵邊境的輝界龍光屬性也被解析為火雷組合屬性）
討伐崩龍后，第二卷冰封的陰影結(jié)束。
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第三卷回歸的騎手
吟唱黑龍歌謠的神秘紅衣詩(shī)人出現(xiàn)；
黑龍討伐戰(zhàn)劇情，在討伐聯(lián)軍里遇到科科特村、江波村的前代主角以及某啞巴強(qiáng)者（未來(lái)的蒼藍(lán)星），還有騎手公會(huì)的強(qiáng)者們；
赤紅壓陣，Mega進(jìn)化后的融合火龍（形象類似蒼炎黑鱗的冥赤龍）驚退黑龍。
紅衣詩(shī)人再次出現(xiàn)，同樣指引主角去新大陸；
（此時(shí)時(shí)間節(jié)點(diǎn)早于《怪物獵人世界》，即第五期團(tuán)未出發(fā)）
在赤紅的幫助下，喬星宇獲得了乘坐飛空艇前往新大陸的機(jī)會(huì)，但赤紅本人決定繼續(xù)發(fā)展騎手公會(huì)。
兩人都認(rèn)為可以通過(guò)怪物的力量提高生產(chǎn)力，向?qū)毧蓧?mèng)世界的方向進(jìn)行努力。
喬星宇提出編纂出一套能與怪物交流的溝通體系，在路途中開始著手研究。
飛空艇遭遇發(fā)狂的紅光天彗龍，失事，但天彗龍隨后被蛇王龍重創(chuàng)。
蛇王龍是有一飯之恩的阿柏蛇沐浴龍血成長(zhǎng)而來(lái)，它來(lái)到這邊后已經(jīng)活了數(shù)千年之久，喬星宇得知幾界時(shí)空或許存在錯(cuò)亂現(xiàn)象。
精靈球不足，無(wú)法收服大蛇。
天彗龍因?yàn)辇垰獗﹣y經(jīng)常神志不清，趁清醒將蛋托付給喬星宇。
飛空艇迫降在炎火村附近，泡狐龍幼崽和牙獵犬入隊(duì)，不過(guò)暫時(shí)無(wú)法進(jìn)球。
牙獵犬可以通過(guò)裝備改變屬性和種族潛力。
皮卡丘在經(jīng)歷過(guò)青電主和霸主雷狼龍的戰(zhàn)斗后領(lǐng)悟了特殊的電系Z招式。
修好飛艇，來(lái)到新大陸，趁冥燈龍?jiān)杏赐瓿桑没蛑ㄅ浜向T手儀式，將其融入雄火龍的軀體中。
雄火龍的潛力極大提升。
在皮丘的Z力量爆發(fā)下，喬星宇成功穿越雷云歸來(lái)，第三卷回歸的騎手結(jié)束。
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第四卷融合的世界
回歸已是一年半后，魁奇思早已因?yàn)槭セ蛑ㄓ?jì)劃失敗，被斗子和N擊敗。
卡洛斯和阿羅拉劇情集中爆發(fā)，調(diào)查之下，喬星宇發(fā)現(xiàn)了彩虹火箭隊(duì)的蹤影。
對(duì)抗中出現(xiàn)了兩個(gè)坂木，彩虹火箭隊(duì)的來(lái)自平行世界，擁有兩只超夢(mèng)；本世界的坂木不愿低頭，作為友方分析彩虹坂木的計(jì)劃。
赤紅的穿越就是平行世界坂木偷襲的結(jié)果，喬星宇前往怪獵世界搖人助拳。
擊敗彩虹火箭隊(duì)的坂木后，他透露藍(lán)星與怪獵世界相互牽引，即將相撞，“愚蠢的”傳說(shuō)精靈們正試圖處理，但沒有徹底解決。
喬星宇前往初始之間，尋找羊丶駝，獲悉了世界融合的情況：
雷暴云和究極之洞均為穿越世界的力量，偶然的交錯(cuò)導(dǎo)致了世界融合；
由于怪獵星球和藍(lán)星通過(guò)雷暴云直接相連，雙方受到彼此重力影響，產(chǎn)生碰撞趨勢(shì)。
羊丶駝前往怪獵世界教導(dǎo)祖龍，之后回到寶可夢(mèng)世界，與祖龍一同調(diào)整各自世界的規(guī)則，利用規(guī)則維系住兩界的空間相對(duì)位置；
四島神用得自古代日月神的力量和神奧三龍神一起定住了究極之洞，固定住藍(lán)星與寶可夢(mèng)世界的空間相對(duì)位置；
固拉多被羊丶駝送到藍(lán)星，與煉黑龍一起反向使用重力減小星球間的吸引，降低寶可夢(mèng)世界與藍(lán)星、怪獵世界間空間錨定的壓力；
如果想要三界穩(wěn)定，怪獵世界和藍(lán)星之間還差一根可靠的支柱。
奈克洛茲瑪重開究極之洞可以滿足這一點(diǎn)，但它在彩虹隊(duì)事件中已經(jīng)失去了光之力。
喬星宇湊齊兩種碎片，兌換出源自藍(lán)星本身的大地與海洋之珠，巨沼怪、雄火龍、皮卡丘集齊地風(fēng)水火龍雷的力量，在藍(lán)星意識(shí)、祖龍和羊丶駝的幫助下，構(gòu)建出概念上的“世界之錨”，解決了問(wèn)題。
之后他決定前往怪獵世界，繼續(xù)幫助赤紅推動(dòng)人類與怪物的和諧共存。
故事到此為止。
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關(guān)于主角身份和系統(tǒng)：
喬星宇其實(shí)沒有穿越，他的特殊能力在于清醒控制夢(mèng)境，有一定幾率與平行世界的自己交匯。
羊丶駝想要獲取藍(lán)星原始的規(guī)則，作為解決問(wèn)題、喚醒藍(lán)星本身意識(shí)的研究資料。祂找來(lái)美夢(mèng)神輔助，通過(guò)喬星宇的夢(mèng)境聯(lián)系上平行時(shí)空的藍(lán)星，獲取到未發(fā)生融合的藍(lán)星規(guī)則。
喬星宇也因此獲得了作為社畜的自己的記憶，誤以為自己穿越。
由于身上帶有原始法則氣息，他也獲得了藍(lán)星意志的眷顧，比如虛吾伊德事件中，出手的就是藍(lán)星本身。（可以理解為藍(lán)星意志才是真女主）
系統(tǒng)是羊丶駝對(duì)本世界喬星宇的補(bǔ)償和期許，面板由三圣菇引導(dǎo)主角自身的意識(shí)制造，但獎(jiǎng)勵(lì)是藍(lán)星意志出的。
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其它傳說(shuō)的動(dòng)向：
鳳王恢復(fù)因三界碰撞發(fā)生意外的人類、寶可夢(mèng)與怪物的生命；
蓋歐卡和洛奇亞控制被海中究極之洞擾亂的海洋，穩(wěn)定洋流與海洋生態(tài)；
黑龍將自己視為檢驗(yàn)人類覺悟的抑制器，屬于祖龍屬下，紅衣詩(shī)人是他的化身。