卻說劉裕坐鎮京師，派遣諸將分頭追擊桓玄及其黨羽，勢如破竹。桓玄猶如喪家之犬，真恨不得脅生雙翅，飛到天上，一路向西逃去。無奈追兵甚緊，一路上有時竟一兩天連飯也顧不得吃。

這一日正倉皇逃竄，忽然遇見益州刺史毛璩手下一隊人馬，正是冤家路窄，于是不容分說便打斗起來。無奈對方兵強馬壯，一時亂箭齊發，把桓玄所帶之人盡皆射死。

桓玄猶強作鎮定，大聲斥責道：

“你們這等賊人，竟敢傷害天子？”

對方道：

“我是為天子殺賊！”

說畢，手起刀落，將桓玄的人頭砍了下來。

各地桓玄余黨雖然仍做些困獸之斗，但已無力回天。不幾時，桓振、桓蔚、桓亮等桓氏族人，并符宏、卞范之等桓玄親信也都一一伏誅；桓謙也逃到后秦去了。

誰知毛璩的參軍名喚譙縱的突然叛亂，將毛璩一家殺死，自封為成都王，占據了蜀地。

桓玄既滅，晉帝司馬德宗重回建康，論功行賞。以劉裕首唱義舉，功勛最大，眾人便商議應由劉裕主掌朝政。

此時劉毅等人見劉裕功名日盛，不免有些嫉妒，便發出風聲，欲使劉裕出鎮丹徒，朝政則交由孟昶來處理。又怕劉裕不同意，便先讓尚書皮沈專程拜望劉裕，試探口風。

皮沈先見了劉穆之，講明來意。

穆之假裝上廁所，卻悄悄到劉裕處，道：

“主公與劉毅、孟昶諸人以布衣百姓之身興舉義兵，一舉匡復晉室，功高蓋世，豈能一味謙讓，老死于藩鎮呢？且眾人雖推舉主公為盟主，但如今同是功臣，恐久后必不能相容。若一旦失去權柄，將來必生禍患。”

劉裕道：

“既如此，我應如何答復皮沈？”

穆之道：

“主公可說，‘選任宰相，事關重大。我豈能身在外地空發議論。我將于近日入京，會同眾人一起商議’。主公一到京師，眾人必不敢再將朝政由付他人了！”

劉裕點頭同意，便立即讓穆之帶皮沈來，依言做了答復。劉毅等人見他如此說，也都不敢違拗，于是朝廷便以劉裕為侍中、車騎將軍、開府儀同三司、徐揚二州刺史、錄尚書事，一應大事，皆由劉裕做主。

劉裕既已緊握大權，便有了掃平四海，恢復中原之心。

義熙元年七月，劉裕便遣使至后秦，向秦王姚興索要之前被其侵占的南鄉等郡縣。

這姚興雖是戎狄，卻也有雄才大略，稱得上是一位明君。當下看過劉裕的來信，便與群臣商議。眾臣都說劉裕這是癡心妄想，姚興卻道：

“劉裕以一介布衣，振臂一呼，桓氏頃刻滅族。且聽說他在內整頓政務，對外鞏固疆域，此人絕不可小視。如今強敵環伺，暫且不宜與劉裕為敵。這區區數郡，何足掛齒？”

于是便不顧大臣反對，將南鄉、順陽、新野、舞陰等一十二郡都歸還給了晉朝。

劉裕本以為后秦會拒絕自己的要求，正好可以找到借口激勵將士，出兵北伐，不料姚興竟如此聰明大度，一時雖討回了土地，心中卻未免有些不快。

偏這時，東北方又傳來快報，說南燕鐵騎攻陷宿豫，進犯濟南，擄走數千百姓。

劉裕聞訊大怒，當即上表皇帝，要親自率大軍討伐慕容超。