主線：成為首位以寶可夢的身份參加大賽的聯(lián)盟冠軍。

副主線：打造首個屬于寶可夢城市，摧毀意圖激化人類與寶可夢矛盾的集團組織。（集團老大被虛吾伊德所寄生，為打造適合異獸生存的世界。）

赤鱗意外重生成為幼基拉斯，剛出生不久就被狩獵隊擄走，吃光狩獵隊能量方塊后，還擄走失憶的毽子草以及封印石（試驗品，技能威力低，被留存了下來，后面成為赤鱗專用buff加成器）。

被迫陷入集團放逐計劃（理念：人類不需要神獸來維護秩序，所有秩序維護者都將被放逐。實質(zhì)：暗中卻引領(lǐng)究極異獸進入本世界），摧毀實驗室后遭到狩獵隊追殺，赤鱗意識到單憑自己無法與之抗衡，也不愿屈居人類之下，只好茍著發(fā)展勢力，暗中擾亂集團計劃，并著手打造寶可夢城市雛形。

集團長時間沒有找到赤鱗的蹤跡，不再浪費精力尋找，赤鱗也再次以幼基拉斯的身份進入人類世界（摧毀實驗室時已經(jīng)進化，不會暴露），結(jié)識天王訓練家，并在他的幫助下參加聯(lián)盟大賽，獲取各種資源。

成為首位以寶可夢的身份參加大賽的聯(lián)盟冠軍，并摧毀集團陰謀，驅(qū)逐異獸。