天龍寺毀掉了六脈神劍劍譜，鳩摩智按照潘東的吩咐將段譽帶往慕容家。隨后慕容家將段譽趕出，松鶴樓上段譽遇見喬峰，二人斗酒后惺惺相惜，結為兄弟。
康敏出示馬大元遺書，揭露喬峰是契丹人，智光大師說起塵封往事，喬峰始知父母被帶頭大哥及中原高手誤殺經過。康敏指證峰為守此密而殺馬大元滅口，阿朱為峰辯解，康敏無言以對。
喬峰回到家中，發現義父母已死，此時又被趕來的少林眾僧誤會。埋葬二老后，喬峰夜入少林找師父玄苦。玄苦遭人毒手，送藥的小沙彌指證喬峰便是暗算玄苦之人，玄慈方丈下令捉拿喬峰。
喬峰冒死帶阿朱共赴英雄大會，群豪圍攻喬峰。中原豪杰死傷無數，聚賢莊游氏兄弟戰敗自盡。喬峰不忍再見傷亡，束用就死，眾人正欲殺峰之時，黑衣人將峰救走。
為護主，褚萬里被段延慶所殺，喬峰出手相助，三大惡人見計劃完成，馬上敗退。三更時，喬峰與阿朱假扮的段正淳青石橋相見，降龍十八掌就要打死阿朱之際，潘東一身黑衣出現，擄走阿朱。
喬峰與段正淳明白被康敏所騙，前去找康敏對峙。眾人方知白世鏡早與康敏有染，馬大元乃是被二人謀殺。
喬峰惱阿紫出手狠毒，阿紫抬出姐姐阿朱向峰示威。盛氣之下，喬峰離去，見阿紫久未追來，喬峰返回尋找，阿紫用暗器偷襲喬峰，卻被喬峰誤傷，生命垂危。偶知人參可起死回生，喬峰為找人參，帶阿紫來到長白山，此時的遼國早已在潘東的控制之下。耶律洪基奉命結交喬峰，喬峰欣賞他的英雄氣概，與其結為兄弟。
潘東又下令讓遼國楚王父子叛亂，叛軍以人質要挾，喬峰單騎入敵陣，輕松殺死潘東送出去的小怪。
耶律洪基以喬峰平息叛亂的名義，將其封為南院大王，紫為端福郡主。
潘東見喬峰的線已經完成，趕到蘇星河處，命令其發帖約武林人士破珍瓏棋局。
虛竹如原著一樣在段延慶的暗中指點下破了珍瓏，蘇星河將虛竹引木屋內。屋中無崖子見虛竹后大為吃驚，他沒想到那日拿走他扳指的神秘人竟然真的料事如神。
驚訝之后，無崖子強行將七十年功力輸入虛竹竹體，命其殺丁春秋為已報仇，并指點虛竹向畫中女子求教。
虛竹出洞后，蘇星河按照潘東的吩咐，奉虛竹為掌門人，虛竹推托不受。之后隨祖師伯玄難離去，不料玄難暴死途中，虛竹返回找蘇星河算帳，蘇星河說玄難是中丁春秋毒而亡，蘇星河又率領眾弟子拜虛竹為掌門人，虛竹不愿再糾纏，違心答應，借機離去。
慕容復等人回燕子塢途中闖入潘東故意設立的萬仙大會，與三十六洞、七十二島眾人動手。出于拉攏眾人，為已所用的動機，慕容復同意相助。此時烏老大見手下的人打信號，忙推出童姥，要眾人殺之盟誓時，虛竹從旁沖出，將其救走。
對于李秋水這種瘋狂的女人潘東可不敢信任，故此他親自著黑衣假扮。童姥令虛竹背自己快跑。說這黑衣人便是她的大仇人。
潘東將童姥打傷，虛竹背其墜崖。二人幸存，童姥說李秋水是西夏王妃，于是二人前去西夏躲避。
到達西夏皇宮冰窖后，潘東又將銀川公主李清露交給童姥，讓其將她與虛竹共寢，致使虛竹破了淫戒。虛竹醒后，痛不欲生，但又思念李清露，難以自拔，于是自暴自棄，破了葷戒。
見時機已到，童姥與一身黑衣的潘東大打出手，兩敗俱傷，之后援兵到來，童姥當眾宣布虛竹竹為靈鷲主人，自己則假裝氣絕。
靈鷲宮中三十六洞、七十二島眾人逼問靈鷲眾女破解生死符秘訣所在，眾女無言，諸島主欲施酷刑，虛竹趕到救下眾女，并告訴大家童姥已死。一島主生死符正好發作，虛竹為其化解，諸島主臣服。夜里虛竹、段譽各懷心事，借酒消愁，甚是投緣。兩人結為兄弟后，段譽次日離去。
此時跳梁小丑全冠清唆使游挑戰少林，做武林盟主。
慕容復聞聽丐幫要向少林挑戰，為結識天下英豪，他亦前往少林。此時少林寺內玄慈方丈正召集全寺僧眾，對返回少林的虛竹施以處罰。
這時鳩摩智到來，挑戰少林七十二絕技，少林眾僧自愧不如，虛竹適時出手，道破鳩摩智所使的是道家小無相功。之后鳩摩智揭穿梅竹假扮的少林和尚，譏笑少林藏有女色。虛竹被罰后逐出少林。
眾英豪齊聚少林，玄慈眾僧頗感疑惑。
少室山下，丁春秋抓住阿紫，要挾游坦之重歸門下，并命其殺死玄慈方丈，為了阿紫，游坦之答應。
喬峰趕到后，將阿紫救出，還與段正淳。中原群豪圍攻喬，慕容復乘人之危向喬挑戰，段譽站出與喬相認，令喬峰感動。眼看丁、游、復三人聯手對峰，虛竹亦站出與峰結拜，蕭、虛、譽三兄弟喝酒宣戰。
虛竹大敗丁春秋，星宿派弟子改投虛竹門下；喬峰大戰復、游，段譽沖上與慕容復對陣，游坦之終難敵峰；段譽敗在慕容復劍下，段正淳救兒子，被慕容復打傷，段譽情急之下使出六脈神劍，慕容復慘敗。
慕容復顏面無存，挺劍自刎，被灰衣人阻攔。黑衣人出現，與灰衣人相視而笑，心照不宣。
黑衣服與灰衣人在藏經閣中對峙，掃地僧出現，盡述幾人盜經經過，眾人驚愕。
老僧指出幾人強練武功的弊端，奉勸蕭遠山、慕容博泯卻前仇，二人不肯。老僧突然出手，二人大徹大悟，皈依佛門。
潘東如期召開銀川公主招駙馬大賽，慕容復，段譽，虛竹前往。與虛竹再次重逢后，公主以身相許。
紅沙灘，段正淳與眾夫人被段延慶三惡人擒獲。
為圖大理江山，慕容復認延慶為義父。為逼段正淳早日退位，慕容復將段正淳眾夫人一一殺死，情急之下，段譽使出六脈神劍，慕容復敗逃。段正淳自盡殉情，刀白鳳說出段譽身世后，正欲自刎隨夫，潘東又是一席黑衣出現，將其擄走。
段譽無法接受段延慶，段延慶離去之時被潘東攔住，并且將刀白鳳扔下。
遼國之內，耶律洪基令喬峰攻打宋朝，喬峰不忍生靈涂炭，拒絕。之后耶律洪基按照潘東所計劃的，誘騙阿紫給喬峰喝下毒酒。大軍立刻將其圍困，喬峰、阿紫被擒。
押解途中，大軍又故意令阿紫落水而逃，傳訊段譽和虛竹。
阿紫等人扮作說客混入大牢，從地道將喬峰救出，外面更有大理、靈鷲、少林、丐幫眾人接應。群豪退至雁門關外，耶律洪基率大軍攔截。
段譽、虛竹生擒下耶律洪基，喬峰以此生不犯宋地為條件，將放其走，洪基斷刀以誓，率眾退兵。
身為契丹子孫，喬峰深感有負遼國，揮刀正欲自盡，一旁觀戰已久的潘東出手將其救下。
這時系統的聲音在潘東耳中響起。
“完成主線任務阻止喬峰自殺
激活特殊任務一擊殺耶律洪基
激活特殊任務二奪占宋國
關卡倒計時九十六小時”