自此，劉牢之便對劉裕刮目相看，常以他為前鋒進擊孫恩，所向皆捷。孫恩兵勢日漸衰弱，于是三十六計，走為上計，率領人眾逃入海島續命。

若單是兇猛斗狠，也不過是一個莽夫而已，偏這劉裕又有幾分謀略。

原來孫恩在海島中恢復元氣后，復又上岸為亂，朝廷所派兵將竟不是他的敵手，就連徐州刺史謝琰也兵敗被殺，鬧的朝野震動，人心不安。

為抗擊孫恩，劉裕在海鹽筑城戍守，但城中兵力寡弱，難以持久。

劉裕便與眾人商議：

“現在敵眾我寡，且敵軍每日都來攻城，如此相持下去，恐于我軍不利。不如暫且棄城西去，待休養幾日，再做打算，你們以為如何？”

其中有人說道：

“一旦出城，恐被敵人追擊，到時前無援軍，后有追兵，必定更加狼狽。”

劉裕道：

“此事我已有主意，諸位不必擔憂，只聽我調遣便是。”

眾人見如此說，便不再言語，各自回去打點軍裝，連夜出城去了。

第二日，海鹽已是一座空城。有十幾個老弱病殘軍士來不及逃走，只得在城上豎起白旗，開門投降了。

敵人見這般光景，心中便是一喜，忙在城下高喊：

“劉裕在哪里？”

城上有人答話：

“昨夜已率軍棄城了。請將軍們格外開恩，饒我等不死！”

敵將哈哈大笑，急忙傳令大軍入城。

約進去一半光景，外邊人突然聽到城內紛亂起來，又聽見戰鼓聲咚咚亂響，喊殺聲驚天動地。已進到城里的紛紛轉身向外跑，卻被城外的人堵塞在城門口；外面的人感覺事情不妙，也掉頭往回撤，卻又被身后的人阻隔。一時間人聲喧囂，馬聲嘶鳴，都恨不能脅生雙翅就此飛去。于是士卒自相踐踏，死傷無數。

原來，劉裕并不曾走，而是將精兵埋伏于城內，只等騙取敵軍入城，便可甕中捉鱉，不料敵人果然中計。這一戰直殺得血流成河，尸藉相枕。

又一日，在追敵中與敵軍主力相遇，劉裕所帶兵卒死傷殆盡，余下的人都嚇得面如死灰，以為從此就要做無名之鬼了。劉裕心中也十分焦急，帶領余部且戰且退，敵人在后面遠遠地追擊。部隊退到一處剛打過仗的地方，只見尸橫遍野，血污狼藉，全軍都陷入絕望。劉裕沉思了一會兒，對眾人道：

“古人說‘困獸猶斗’，況你我久經沙場，豈能輕易就范？敵軍雖眾，但卻沒有立即向我軍沖鋒，一是素來懼怕我軍威名，二是疑心旁有伏兵。我們正可以用計策勝之。”

于是命人四處散走，并剝取死人身上的衣物，看起來十分閑暇。敵人遠遠的望見，一時竟摸不著頭腦，又擔心遇到伏兵，所以都不敢近前。約莫有一炷香的功夫，劉裕突然大喝一聲，令眾人提刀，反而向敵軍殺來。敵軍正在疑懼，哪里知道葫蘆里賣的什么藥，一些膽小的便“哎呀”一聲掉頭就走。旁邊人見這樣，不由得也跟著就跑，一時作鳥獸散了。

朝廷見劉裕有勇有謀，便委命他作下邳太守，專力討伐孫恩，一時間竟成了孫恩的克星。

此時，劉裕正跟隨劉牢之奉命征討桓玄，大軍屯駐在溧州。