三月初二，劉裕大軍浩浩蕩蕩進(jìn)至覆舟山以東，先讓老弱士兵登到山上，多張旗幟，令敵人難知虛實(shí)。

桓玄早已命桓謙、卞范之率軍二萬列陣迎敵，猶恐兵勢(shì)不夠，又遣武騎將軍庾祎之，率領(lǐng)精銳部隊(duì)援助桓謙等人。

此時(shí)殘冬未盡，東北風(fēng)急，戰(zhàn)旗在烈風(fēng)中呼啦啦作響，太陽在云層中時(shí)隱時(shí)現(xiàn)。

少頃，義軍方面首先發(fā)起進(jìn)攻，劉裕、劉毅等人各率一支部隊(duì)，數(shù)道并進(jìn)，直沖桓軍。桓謙、卞范之指揮軍隊(duì)抵抗，庾祎之來回增援，戰(zhàn)斗十分激烈。

只見劉裕手執(zhí)長刀，沖在最前列，逢人便砍，所向披靡。身后士卒在他的帶領(lǐng)下無不以一當(dāng)十，殊死搏斗，殺聲震天動(dòng)地。

原來桓謙帶領(lǐng)的將士都是北府舊兵，有的人往年也曾跟隨過劉裕征討孫恩、盧循，深知?jiǎng)⒃Ｗ鲬?zhàn)兇猛，因此未開戰(zhàn)時(shí)就已膽怯三分。又兼此時(shí)東北風(fēng)急，義軍方面順風(fēng)放火，煙焰張?zhí)欤瑧?zhàn)鼓雷鳴，京師震動(dòng)。

眾人自知毫無勝算，便紛紛掉頭逃走，幾萬大軍頃刻間就土崩瓦解了。

桓玄在宮中隱隱聽見前方的廝殺聲，不由得心驚肉跳。

自從聽說劉裕起兵后，他便常懷出走之計(jì)，悄命領(lǐng)軍將軍殷仲文在石頭城準(zhǔn)備舟具，以備逃跑時(shí)使用。此時(shí)聽說桓謙大敗，早已嚇得魂不附體，于是帶著幾千親信軍士及愛子幼侄，聲言出城赴戰(zhàn)，實(shí)則登舟向南，逃之夭夭了。

一時(shí)間建康無主，群情騷亂。

劉裕聽到消息，暗自慶幸，不想桓玄竟如此不堪一擊，這成功來得太容易，竟好似假的一般。

朝中百官有逃走的，剩下的人全都身穿朝服，在城外列隊(duì)恭迎劉裕進(jìn)城。

王元德之弟仲德站在城門外，抱著元德的兒子等候劉裕。原來，劉邁告密后，桓玄立即將王元德、辛扈興、童厚之抓捕處死；后來又怨劉邁告密不及時(shí)，將劉邁也一并殺了。劉裕在馬上抱起元德之子痛哭，遂追贈(zèng)元德為給事中，并著重?fù)嵝袅似浼胰恕?/p>

諸將分頭捉拿桓氏一族及其親信，無論老幼，一并殺死。

因晉帝司馬德宗現(xiàn)在尋陽，所以劉裕便不敢在建康城內(nèi)久住，徑直帶兵駐扎在了石頭城，一面部署人馬清理京城的桓玄余孽，一面派遣兵將追擊桓玄，并迎接皇帝還宮。

經(jīng)此一役，劉裕威名大振，而建康中王謐等諸大臣一向以名望自居，國難之際卻屈身事賊，至此都感覺羞愧難當(dāng)，再不能與劉裕爭(zhēng)鋒了。

王謐因在桓玄篡位時(shí)做了高官，深怕義軍追究其罪，便想將功贖罪討好劉裕，因此十分用心地與眾人商議，推舉劉裕擔(dān)任使持節(jié)，都督揚(yáng)、徐、兗、豫、青、冀、幽、并八州諸軍事，領(lǐng)軍將軍，徐州刺史。劉裕謙讓了一番，也就不再推辭，一時(shí)東方諸郡兵權(quán)皆入手中。

不提諸將如何追擊桓玄，且說劉裕初執(zhí)朝柄，事務(wù)繁雜；又因人情不穩(wěn)，很多事倉促難料，而主薄劉穆之處置得當(dāng)，大小事宜毫無凝滯，令劉裕十分嘆賞。

原來起事之初，劉裕即欲尋一位主薄先生，何無忌道：

“若選主薄，非劉道民不可！”道民即是劉穆之。

劉裕當(dāng)即派人去請(qǐng)。穆之晨起聽見京口噪動(dòng)，便步出村口觀望，正遇上送信人，沉思片刻，便立即應(yīng)召赴任了。

至此，劉裕見穆之人才干練且又沉穩(wěn)多謀，便當(dāng)作心腹看待，無論大小事宜，均要先和穆之商議后再做取舍。